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その名の通り、EPUBファイルをつくるために作られたのが、EPUB作成専用アプリです。EPUBファイルをつくるのに、一番シンプルでわかりやすい方法といえるでしょう。
EPUB作成専用アプリには、以下のようなものがあります。

・FUSEe http://fusee.jp/
・sigil http://code.google.com/p/sigil/

「FUSEe」は、国産のEPUB作成アプリです。国産ということは、きちんとしたヘルプやサポートが期待できる、ということです。この安心感は相当なものです。
電子書籍の普及が遅れている背景には、縦書きなど日本語独特の表記法への対応があります。「EPUB 3」という新しい規格で、縦書きなどができるようになり、電子書籍が普及し始めたのです。
国産のEPUB作成アプリということは、そうした日本語に完全対応しているということでもあります。これは、大きなアドバンテージです。
「いままで紹介されたアプリやサイトは、イマイチよくわからない」という人には、FUSEeがおすすめです。

もうひとつのsigilは、フリーのEPUB作成アプリです。フリーということは、無料で使えるわけですが……このsigil、海外産なのです。そのため、ダウンロードページもメニューも英語です。メニューは日本語になりますが、ヘルプはそのまま。つまり、使い方がわからなくなったら、自分でどうにかしなきゃいけないのです。
といっても、インターネットにsigilの使い方を解説したサイトがたくさんありますし、そもそもそんなに難しいアプリでもないので、なんとかなります。
ただし、sigilがつくるのは「EPUB 2」という規格のEPUBファイルです。上にも書きましたが、縦書きなど日本語独自の表記に対応したのは、その次に発表された「EPUB 3」からです。
そうすると、sigilでは日本語の電子書籍はつくれない……と思ってしまった人もいるかもしれませんが、sigilでもちゃんと日本語の電子書籍はつくれます。裏技……というほどのものではないですが、ある意味「抜け道」的な手段とはいえるかもしれません。

0から電子書籍をつくろうと考える人にとって、まず検討するのがこうした「EPUB作成アプリ」でしょう。しかし、今後選択肢が増える可能性は低いんじゃないでしょうか。そういう意味で、FUSEeとsigilは、貴重な存在です。